【昊文章】天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)文章大揭秘

發(fā)稿時間：2018-05-28來源：天昊生物

對于DNA目的區(qū)域甲基化水平的檢測，目前市場上有各種技術(shù)平臺，但是各個技術(shù)有各自的技術(shù)痛點，要么成本高（目的區(qū)域液相芯片捕獲），要么不能準確定量研究（MSP/BSP），要么操作復雜（質(zhì)譜）、要么檢測片段短，無法獲得甲基化單倍型（焦磷酸測序），而天昊生物的目的區(qū)域富集甲基化測序MethylTargetR技術(shù)針對這些核心痛點，通過調(diào)整技術(shù)策略及創(chuàng)新生信分析，不但創(chuàng)新性地解決了上述技術(shù)難題，還有更多應有優(yōu)勢：
◆  性價比高：傳統(tǒng)克隆測序一個片段10個克隆的價格，MethylTarget 可以完成約60個片段的檢測（檢測深度為1000X，相當于1000個克?。?；
◆  精確度高：基于二代測序數(shù)據(jù)檢測甲基化程度，精確到單堿基分辨率，與全基因組甲基化測序，RRBS數(shù)據(jù)，甲基化芯片數(shù)據(jù)有高度一致性；
◆  精確定量：測序深度高達1000X，并可以進一步加深，相比于傳統(tǒng)克隆測序，可以對位點甲基化程度進行準確定量；
◆  技術(shù)靈活：基于多重PCR富集進行目標區(qū)域富集，可隨時進行基因和位點的變化和改動，并且可以獲得每個片段的甲基化單倍型。


MethylTargetR 自服務市場以來，其準確性和性價比優(yōu)勢快速獲得了大量課題組的認可。優(yōu)秀的技術(shù)平臺結(jié)合課題組的專業(yè)研究思路，已經(jīng)快速轉(zhuǎn)化為一大波優(yōu)質(zhì)SCI文章，下面就為大家按領(lǐng)域分別介紹！





Folate treatment of pregnant rat dams abolishes metabolic effects in female offspring induced by a paternal pre-conception unhealthy diet.
父方孕前不良飲食習慣對女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過程逆轉(zhuǎn)
單位：湖南師范大學醫(yī)學院李健老師課題組
時間：2018年5月18號
雜志：Diabetologia.
IF: 6.08
研究背景：
● 母親孕前或孕期的生活方式可能對后代器官的功能或結(jié)構(gòu)造成永久性的影響和改變；
● 近期研究發(fā)現(xiàn)，父親在精子成熟期或孕前的營養(yǎng)情況也能對子代的器官功能造成永久性的影響；
● 對于父方營養(yǎng)對子代造成的表觀遺傳學改變的機制尚無深入研究；
科學問題：雄性大鼠的高脂，高糖，高鹽飲食（模擬年輕男性的快餐飲食習慣）是否會引起子代的代謝表型變化？雌性大鼠孕期的葉酸治療是不是能夠逆轉(zhuǎn)這種代謝表型變化？
研究方法：
● 大鼠組別設(shè)置：雄性大鼠的高脂-糖-鹽飲食；雌性孕鼠的葉酸飼喂為2個主要組別設(shè)置因素；

● 大鼠肝組織RNA測序；肝組織和胰腺組織目的基因RT-PCR；
● 整體和MethylTarget?技術(shù)檢測基因特異性DNA甲基化水平；
● 代謝能力和其它指標檢測；
研究結(jié)果：
●對于父方高脂-糖-鹽飲食組，其雌性后代表現(xiàn)明顯的葡萄糖耐受損傷，可能是肝組織一些關(guān)鍵代謝基因表達異常的外在體現(xiàn)；
●對于父方高脂-糖-鹽飲食組，其后代表現(xiàn)整體甲基化上升，但一些代謝核心基因的甲基化水平并無顯著變化（可能因為樣本量太小）；
●雄性大鼠孕前不良飲食習慣對女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過程逆轉(zhuǎn)；
研究意義和結(jié)論：
該研究提示，母親孕期服用葉酸，可能能夠改善和治療父方孕前快餐飲食習慣對子代造成的表觀遺傳學不良影響。

2

全身性自身免疫病機制研究

Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis reveals  hypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells
全基因組DNA甲基化研究發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)性硬化癥患者CD4+ 和CD8+ T細胞的干擾素相關(guān)基因表現(xiàn)低甲基化狀態(tài)
單位：上海復旦大學生科院王久存教授課題組
時間：2017-12-05
雜志：J Invest Dermatol. 
IF：6.28
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3

腫瘤biomarker研究

Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based
biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)
靶向亞硫酸氫鹽測序鑒定了一組基于基因DNA甲基化程度的食管鱗狀細胞癌（ESCC）生物標志物
單位：上海復旦大學生科院王久存教授課題組
時間：2017-11-29
發(fā)表雜志：Clinical Epigenetics
IF：4.98
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缺血性腦卒中疾病研究

CDKN2B Methylation and Aortic Arch Calcification in Patients with Ischemic Stroke
缺血性腦卒中CDKN2B甲基化與主動脈弓鈣化研究
單位：南京大學醫(yī)學院金陵學院
時間：2017-6-1
發(fā)表雜志：J Atheroscler Thromb. 
IF: 2.442
研究背景：
● 多項GWAS研究提示Chr9p21與動脈粥樣硬化和動脈鈣化的發(fā)生顯著關(guān)聯(lián)；
● Chr9p21區(qū)域僅轉(zhuǎn)錄一個非編碼的長鏈非編碼RNA---ANRIL；
● ANRIL臨近2個基因，CDKN2A和CDKN2B，均參與細胞周期調(diào)控；
● 研究提示ANRIL可以募集表觀調(diào)控因子引發(fā)CDKN2A/2B的DNA甲基化。
科學假設(shè)：
● 探討CDKN2A/2B的DNA甲基化是否可能增加主動脈弓鈣化的發(fā)生風險
研究方法：
缺血性腦卒中患者322例，其中存在主動脈弓鈣化患者248例，無主動脈弓鈣化患者74例。MethylTarget目的區(qū)域甲基化檢測技術(shù)檢測患者血液樣本CDKN2A/2B啟動子區(qū)CpG島甲基化水平(共36個CpG位點)
研究結(jié)果：
● 動脈鈣化患者CDKN2B甲基化水平顯著高于不存在鈣化的缺血性腦卒中患者；
● CDKN2B甲基化水平與患者動脈鈣化指標對數(shù)轉(zhuǎn)換成正相關(guān)（矯正rs4977574的影響）；
研究結(jié)論：
CDKN2B高甲基化可能提示缺血性腦卒中患者有更高的動脈弓鈣化風險。

5

動物領(lǐng)域研究

 

Dietary betaine supplementation in hens modulates hypothalamic expression of cholesterol metabolic genes in F1 cockerels through modification of DNA methylation

母雞補充甜菜堿可以通過DNA甲基化修飾來調(diào)控F1代公雞下丘腦膽固醇代謝相關(guān)基因的表達

單位：南京農(nóng)業(yè)大學動物健康與食品安全國際合作聯(lián)合實驗室

時間：2018年3月
期刊名：Comparative Biochemistry and Physiology, Part B     
影響因子： 1.757
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6

動物領(lǐng)域研究

 
Dietary betaine supplementation increases adrenal expression of steroidogenic acute regulatory protein and yolk deposition of corticosterone in laying hens
補充甜菜堿促進蛋雞類固醇激素合成急性調(diào)節(jié)蛋白和卵黃沉積腎上腺皮質(zhì)酮的表達
單位：南京農(nóng)業(yè)大學動物生理生化重點實驗室
時間：2017年12月
期刊名：Poultry Science       
影響因子： 1.908
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天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測技術(shù)動物領(lǐng)域首發(fā)新文。

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作為國內(nèi)唯一提供基于二代測序平臺的目的區(qū)域甲基化檢測項目的科研服務公司，我們感謝客戶的信任和選擇。在過去的一年半中，MethylTarget?技術(shù)平臺已經(jīng)完成項目近150個，合作的單位包括復旦大學、上海交通大學、中科院、浙江大學、南京醫(yī)科大學、三軍大、北京協(xié)和醫(yī)院、湘雅醫(yī)學院、南京農(nóng)大、安徽醫(yī)科大學、成都軍區(qū)總醫(yī)院、新疆醫(yī)科大學、中南大學等等單位。相信我們的MethylTarget?技術(shù)會有更多“昊文章”，敬請期待！