SSR標(biāo)記如何搜集及篩選

發(fā)稿時(shí)間：2020-06-17來(lái)源：天昊生物

許多老師在看到我們的超高通量SSR分型技術(shù)--SSRseq^TM技術(shù)后，都希望能將該技術(shù)應(yīng)用到自己的研究當(dāng)中去，但往往不知如何下手。今天我們就簡(jiǎn)單講一下在應(yīng)用SSRseq^TM進(jìn)行分型之前應(yīng)該做的準(zhǔn)備工作。

1、待研究物種SSR數(shù)據(jù)信息的搜集

這里給老師們介紹一個(gè)非常強(qiáng)大的SSR數(shù)據(jù)庫(kù)--微衛(wèi)星數(shù)據(jù)庫(kù)(MicroSatellite DataBase，MSDB)。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是迄今為止收錄多物種SSR注釋數(shù)據(jù)最全的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，于2019年10在《Nucleic Acids Research》上發(fā)布，涵蓋了37262個(gè)物種之多，您想要的SSR位點(diǎn)信息這里基本都有。詳細(xì)介紹請(qǐng)點(diǎn)擊：（迄今為止最全的多物種微衛(wèi)星注釋數(shù)據(jù)庫(kù)MSDB發(fā)布）

MSDB網(wǎng)址：https://data.ccmb.res.in/msdb/

2、后續(xù)SSR位點(diǎn)的篩選

在經(jīng)過(guò)第1步MSDB數(shù)據(jù)庫(kù)搜索后，我們通常都會(huì)得到幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)不等的SSR位點(diǎn)。我這里隨機(jī)檢索了人、小鼠、黑腹果蠅和擬南芥的SSR信息，結(jié)果如下：

我們要如何從這么多SSR標(biāo)記里，有效的篩選一定數(shù)量SSR，用于后面大群體分型呢？這里有一些需要考慮的因素，這里參考2014年發(fā)表的文章《QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate》的建議，包括：通過(guò)從單體而非共有序列中選擇SSR，對(duì)擴(kuò)增成功可能性增加的引物對(duì)進(jìn)行優(yōu)先排序，選擇單一重復(fù)而非多個(gè)基序序列，在引物和重復(fù)基序之間顯示至少20 bp，側(cè)翼區(qū)域顯示高度復(fù)雜性(例如，沒(méi)有微小衛(wèi)星（minisatellite），側(cè)翼區(qū)域沒(méi)有其他SSR，側(cè)翼區(qū)域或引物沒(méi)有同聚物)。另外，選擇具有最高重復(fù)數(shù)的SSR，以增加選擇多態(tài)性位點(diǎn)的概率，避免可能形成發(fā)夾的基序，如at重復(fù)，并在可能時(shí)包括多種二、三和四核苷酸重復(fù)。具體的案例可以參考（微衛(wèi)星分型誰(shuí)更強(qiáng)？這篇論文幫你忙）這篇文章。

當(dāng)做完上面兩項(xiàng)工作之后

就趕緊聯(lián)系我們

進(jìn)行SSRseq^TM的分型工作吧！

關(guān)于天昊

天昊生物具有多年SSR分子標(biāo)記檢測(cè)及分析經(jīng)驗(yàn)，天昊生物可以提供SSR分子標(biāo)記的一代毛細(xì)管電泳檢測(cè)，并且基于二代高通量測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)出SSRseq^TM專(zhuān)利技術(shù), 可以根據(jù)客戶項(xiàng)目需求，提供不同數(shù)量樣本和位點(diǎn)的高性價(jià)比SSR檢測(cè)服務(wù)。

基于二代測(cè)序平臺(tái)的SSRseq^TM專(zhuān)利技術(shù)

我們期待成為您SSR分型檢測(cè)的優(yōu)質(zhì)服務(wù)合作伙伴，歡迎聯(lián)系我們具體咨詢！

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