【昊文章】天昊合作客戶circRNA m6A修飾新文章

發(fā)稿時(shí)間：2020-08-14來(lái)源：天昊生物

前言   2019年底我們?cè)偨Y(jié)過(guò)circRNA m6A修飾相關(guān)資料和研究思路（鏈接：circRNA m6A修飾文獻(xiàn)總結(jié)及思路分析），其中2019年國(guó)自然項(xiàng)目中涉及到環(huán)狀RNA m6A修飾的基金共有11項(xiàng)，預(yù)計(jì)2020年相關(guān)的基金仍會(huì)大漲。 2020年以來(lái)circRNA m6A修飾相關(guān)的文獻(xiàn)也有了大幅的增長(zhǎng)，共計(jì)約20篇。 包括3月份Cell Research報(bào)道稱：在雄性生殖細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了m6A修飾參與到一些具有編碼功能的circRNA的生成過(guò)程中，并且揭示了這些circRNA穩(wěn)定和持久的蛋白產(chǎn)生的潛在機(jī)制（doi: 10.1038/s41422-020-0279-8）。 而Molecular Cancer多篇綜述文章總結(jié)了circRNA（或noncoding RNA）與m6A修飾之間的聯(lián)系（doi: 10.1186/s12943-020-01224-3；doi: 10.1186/s12943-020-01207-4；doi: 10.1186/s12943-020-01233-2）。

近日，天昊合作客戶浙江省人民醫(yī)院消化內(nèi)科潘文勝主任課題組在Epigenomics雜志上發(fā)文報(bào)道了低分化胃腺癌中差異表達(dá)的circRNA，并且初步分析了這些circRNA的m6A修飾水平。

作者首先利用circRNA芯片在低分化胃腺癌（PDGA）癌組織中發(fā)現(xiàn)了65個(gè)差異表達(dá)的circRNAs，并對(duì)這些circRNA的分布和長(zhǎng)度特征進(jìn)行了分析（圖1）。本研究中在發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證階段使用的臨床樣本數(shù)及臨床信息如表1所示。

進(jìn)而利用qPCR在胃癌組織中（包括不同分化程度樣本）對(duì)部分差異的circRNA進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)circRNA差異表達(dá)趨勢(shì)與芯片結(jié)果一致（圖2）；而且在4種胃癌細(xì)胞系中進(jìn)一步驗(yàn)證了這些circRNA的表達(dá)水平，PCR產(chǎn)物驗(yàn)證證實(shí)了circRNA具有反向剪接位點(diǎn)（圖3）。

為了評(píng)估所選circRNA對(duì)胃癌的診斷潛力，作者對(duì)每個(gè)circRNA進(jìn)行了ROC曲線分析，發(fā)現(xiàn)has_circ_0077837更可能作為胃癌和低分化胃腺癌診斷標(biāo)志物（圖4）。

為了研究所選circRNA的潛在功能，研究人員對(duì)其靶基因進(jìn)行了GO分析，主要富集的GO條目如圖5。KEGG通路富集分析如圖6所示。

考慮到m6A修飾作為轉(zhuǎn)錄后修飾方式精細(xì)調(diào)控著基因表達(dá)，首先利用SRAMP網(wǎng)站（http://www.cuilab.cn/sramp）對(duì)這些差異表達(dá)的circRNA潛在的m6A修飾位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，多個(gè)circRNA具有高可信度的m6A修飾位點(diǎn)。利用MeRIP-qPCR對(duì)這些circRNA的m6A修飾進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)多數(shù)circRNA的m6A修飾水平在腫瘤組織中具有顯著差異（圖7A），而且m6A修飾水平和circRNA表達(dá)水平具有顯著相關(guān)性（圖7B、C）。這些結(jié)果顯示m6A修飾可能影響這些circRNA的表達(dá)差異。

總結(jié)來(lái)看

這項(xiàng)研究初步發(fā)現(xiàn)了在胃癌和低分化胃腺癌中部分差異表達(dá)的circRNA同時(shí)存在轉(zhuǎn)錄后m6A修飾的差異。然而為什么存在m6A修飾的差異？這些差異修飾的circRNA會(huì)在低分化胃腺癌或胃癌中發(fā)揮什么樣的功能？轉(zhuǎn)錄后的修飾如何影響這些circRNA的表達(dá)水平？這些問(wèn)題可能是課題組后續(xù)研究探索的方向，期待潘文勝主任課題組更多的發(fā)現(xiàn)。

天昊生物具有多年基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀組等多組學(xué)檢測(cè)與分析的經(jīng)驗(yàn)，m6A RNA甲基化作為表觀領(lǐng)域的一大熱點(diǎn)，天昊生物自主設(shè)計(jì)了m6A調(diào)控因子（writers/erasers/readers）差異表達(dá)分析檢測(cè)panel，還可以提供m6A修飾整體水平定量檢測(cè)，并結(jié)合MeRIP-seq和RNA-seq挖掘受m6A調(diào)控因子影響的下游靶點(diǎn)，同時(shí)可對(duì)相關(guān)的靶點(diǎn)進(jìn)行MeRIP-qPCR驗(yàn)證。生信團(tuán)隊(duì)亦可提供個(gè)性化的m6A數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘與生信分析內(nèi)容。

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