@微生態(tài)科研人，天昊生物宏基因組測(cè)序全面升級(jí)!

發(fā)稿時(shí)間：2020-08-18來(lái)源：天昊生物

宏基因組測(cè)序是進(jìn)行微生物群落組成分析和微生物基因功能通路分析的重要技術(shù)手段，相比擴(kuò)增子測(cè)序具有以下優(yōu)點(diǎn)：

√1.不但可以進(jìn)行物種組成分析還可以進(jìn)行微生物編碼基因的注釋定量，從而進(jìn)行組間基因和功能通路差異分析，進(jìn)而進(jìn)行深入的分子機(jī)制研究；

√2.對(duì)物種分類鑒定更加精細(xì)，可以鑒定到種水平甚至菌株水平；

√3.可以得到未培養(yǎng)微生物的完整基因組；

因?yàn)楹昊蚪M具有上述優(yōu)勢(shì)，目前宏基因組測(cè)序得到越來(lái)越廣泛的應(yīng)用，基于此，天昊生物針對(duì)本司的宏基因組測(cè)序結(jié)題報(bào)告進(jìn)行了全面升級(jí)，下面大家跟著小編一起看看全面升級(jí)的宏基因組測(cè)序結(jié)題報(bào)告到底有哪些亮點(diǎn)。

1.為了讓零基礎(chǔ)的客戶能盡快了解宏基因組分析流程，我們將宏基因組分析流程去繁化簡(jiǎn)，讓客戶能盡快抓住宏基因組分析的精髓要點(diǎn)。

2.雖然分析流程簡(jiǎn)約，但是分析軟件卻使用目前最公認(rèn)的軟件：

• 物種注釋：使用Kraken2對(duì)質(zhì)控后的序列進(jìn)行物種分類。Kraken2是一種超快速且準(zhǔn)確度高的宏基因組DNA序列分類學(xué)分配程序，由于其注釋數(shù)據(jù)庫(kù)為NCBI RefSeq（200GB+）因此能夠達(dá)到最佳分類效果。

• 序列組裝：使用metaSPAdes軟件對(duì)質(zhì)控后序列進(jìn)行組裝。metaSPAdes是目前宏基因組組裝指標(biāo)較好的軟件，尤其在株水平組裝優(yōu)勢(shì)明顯。Journal of Microbiological Methods結(jié)果表明MetaSPAdes 的AQI（組裝質(zhì)量指數(shù)）最高，表明其組裝質(zhì)量最好。

在所有16個(gè)重復(fù)的聚酯模擬數(shù)據(jù)下，估計(jì)豐度和真實(shí)豐度之間的絕對(duì)對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換倍數(shù)變化（lfc）的中位數(shù)。lfc越接近0，真實(shí)和估計(jì)的豐度就越相似。

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參考文獻(xiàn)：
1.Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression. Nature Methods. 2017.

2.Practical evaluation of 11 de novo assemblers in metagenome assembly Practical evaluation of 11 de novo assemblers in metagenome assembly. J. Microbiol. Methods.2018

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