【昊工具】TRRUST: 值得信賴的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因調(diào)控數(shù)據(jù)庫

發(fā)稿時間：2020-09-14來源：天昊生物

最近小編發(fā)現(xiàn)一個寶藏網(wǎng)站，如果您明年基金切入點是轉(zhuǎn)錄因子（TF），一定不要錯過它：人/小鼠轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控關(guān)系的數(shù)據(jù)庫TRRUST（http://www.grnpedia.org/trrust/)

 ■ 可查詢轉(zhuǎn)錄因子的下游靶基因
 ■ 可查詢轉(zhuǎn)錄因子的轉(zhuǎn)錄因子
 ■ 可查詢轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的疾病/通路
 ■ 可查詢一個基因列表的關(guān)鍵調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子
 ■ 原始數(shù)據(jù)均可下載，用于生信挖掘

A 查詢一個目標轉(zhuǎn)錄因子（以BRCA1為例）

結(jié)果：

1 、轉(zhuǎn)錄因子的靶基因（可看到調(diào)控類型是抑制還是激活）

2、靶基因的功能網(wǎng)絡圖

3、調(diào)控BRCA1的轉(zhuǎn)錄因子

4、調(diào)控BRCA1的TF的蛋白互作圖

5、其它和BRCA1同靶點的TF

6、BRCA1相關(guān)的疾病/kegg通路/GO通路

B 查詢一個基因列表的關(guān)鍵調(diào)控TF(以ESR1敲除后的差異表達基因列表為例)

結(jié)果：提示ESR1為最可能的關(guān)鍵調(diào)控TF

C 數(shù)據(jù)下載

TF-靶基因調(diào)控數(shù)據(jù)庫被廣泛用于其它生信數(shù)據(jù)庫開發(fā)，例如2018年發(fā)表的RNA-Seq數(shù)據(jù)挖掘工具（Ge SX, Son EW, Yao R. iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2018 Dec 19;19(1):534. doi: 10.1186/s12859-018-2486-6. PMID: 30567491; PMCID: PMC6299935.），就調(diào)用了TRRUST數(shù)據(jù)庫的原始數(shù)據(jù)。

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